Di awal akhir tahun 1999 hingga tahun 2002 di Maluku terjadi konflik yang melibatkan umat Muslim dan Kristen. Konflik agama ini menyebabkan ribuan nyawa melayang dan ratusan rumah hancur. Masing-masing umat beragama baik umat Muslim maupun Kristen mengklaim konflik ini merupakan perang mempertahankan agama.
Konflik ini baru mereda setelah pemerintah menandatangani Perjanjian Malino II. 2 perwakilan dari kedua kubu yang bertikai dipertemukan untuk membahas akhir konflik tersebut.