Алекс Мерсер — человек, попавший под опыты одной организации, сделавшей его Прототипом. Новые способности и сила могут сделать его сверх-существом на планете, но он хочет любить, радоваться и вернуть свою память, которую у него забрал эксперимент. Теперь, когда он стремительно ищет путь к самой организации, чтобы заставить их платить за совершенное, его ничто не остановит, кроме памяти. Её вернуть получится только с большими усилиями. Он не помнит, что с ним было до эксперимента, не знает, почему согласился на него, и было бы это обоюдным решением.
Сюжет Prototype повествует, что люди считают главного героя началом этой эпидемией и все военные охотятся на него, чтобы убить. Персонаж не сможет покинуть пределы острова Манхеттена, поскольку он окружен водой, а если он прыгнет туда, то сразу же вернется обратно. Алекс способен собственноручно уничтожать танки, взрывать вертолеты и крошить сотни врагов за короткий промежуток времени. По мере прохождения Мерсер будет открывать для себя новые способности, с помощью которых сражения будут гораздо легче, а его нечеловеческие способности станут только сильнее.