События игры происходят сразу после ACR (Assassin Creed Revelation)
Вышедший из комы Дезмонд Майлз в компании Шона,Ребекки и Майлза старшего прибывает в храм Тех-Кто-Был раньше.
Но,путь к заветной цели преграждает дверь,к которой нужен Особый ключ.
Юнона,богиня,одна из Предтечей выходит на связь с Объектом-17 и говорит ,что он должен найти тот самый,Особый ключ.
При помощи Анимуса-машины,направленной на изучение биологической памяти человека,скрытой в его ДНК.