Molecular Dynamics Analysis: A Complete Tutorial Using Google Colab!
Link:
Results MD - OpenMM 2025: https://colab.research.google.com/dri...
Olá! Neste vídeo, será mostrado como preparar gráficos de análise dos resultados de uma dinâmica molecular de forma fácil, incluindo Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF), resíduos que interagem com o ligante e suas características físicas, raio de giração (Rg) e função de distribuição radial (RDF).
Cada um desses gráficos será gerado a partir dos resultados obtidos com o OpenMM, sendo explicado o significado de cada um deles.
O que você vai ver neste vídeo:
00:00 - 00:39 Introdução
00:39 - 02:47 Google Colab
02:47 - 04:36 RMSD x tempo
04:36 - 07:24 RMSF x posição do resíduo
07:24 - 10:23 Contato entre o ligante e o resíduo
10:23 - 12:26 RDF x distância
12:26 - 15:20 Rg x tempo
Ideal para estudantes, iniciantes em bioinformática estrutural ou qualquer pesquisador que queira começar a explorar simulações com recursos simples.
Referências:
MCGIBBON, R. T. et al. MDTraj: A Modern Open Library for the Analysis of Molecular Dynamics Trajectories. Biophysical Journal, v. 109, n. 8, p. 1528–1532, 20 out. 2015.
Site Plotly: https://plotly.com/python/
#DinâmicaMolecular #MolecularDynamics #OpenMM #RMSD #RMSF #RDF #AnáliseComputacional #Bioinformática #Docking #ComputationalBiology #LiganteProteína #EstruturaProteica #MDAnalysis #QuímicaComputacional