Android M Overlay FIX
You have to pause app that require overlay, than you can change permission!
Non è un bug semplicemente c'è un App che si posiziona "davanti allo schermo", disattivarla momentaneamente, dare/togliere i permessi e riattivare l'app.
Nel mio caso Twilight (filtro luce blu) "sta davanti alla schermata sei permessi"; mettendo in pausa twilight posso interagire con i permessi. Riattivandola torno a non poter modificare i permessi.