Link's Awakening es uno de los pocos juegos de Zelda que no tiene lugar en la tierra ficticia de Hyrule, no aparece la Princesa Zelda (aunque se menciona una vez), no se muestra la reliquia llamada Trifuerza y que no se enfrenta al principal antagonista de la serie, Ganon. En vez de eso, Link, el personaje del jugador, es sorprendido por una fuerte tormenta mientras viajaba en barco en alta mar. Es arrastrado por la corriente hasta las playas de la Isla Koholint. Más adelante, al saber que la isla está custodiada por una misteriosa criatura dormida, llamada Pez del Viento, Link deberá luchar contra monstruos y resolver una serie de rompecabezas para encontrar ocho instrumentos musicales que la despertarán. Si no lo hace, Link quedará atrapado en la Isla Koholint para siempre