La mayoría de los lenguajes de programación ofrecen un sistema de empaquetado para distribuir bibliotecas de soporte, como CPAN para Perl o Rubygems para Ruby. Las bibliotecas instaladas a través de un sistema de empaquetado se pueden instalar en todo el sistema (conocidas como "paquetes de sitio") o en el directorio que contiene la aplicación (conocido como "venta" o "agrupación").
Una aplicación de doce factores nunca se basa en la existencia implícita de paquetes en todo el sistema. Declara todas las dependencias, completa y exactamente, a través de un manifiesto de declaración de dependencia. Además, utiliza una herramienta de aislamiento de dependencias durante la ejecución para garantizar que no se "filtren" dependencias implícitas del sistema circundante. La especificación de dependencia completa y explícita se aplica de manera uniforme tanto a la producción como al desarrollo.