Gerbang Neraka bercerita mengenai kisah tiga tokoh dengan latar belakang, sifat, dan profesi yang berbeda. Tomo Gunadi (Reza Rahadian) merupakan wartawan di sebuah tabloid misteri, anehnya ia sendiri tidak percaya apapun yang berbau klenik. Kemudian ada Guntur Samudra (Dwi Sasono) yang berprofesi sebagai seorang ahli spiritual, orang yang sangat berpegang pada ilmu-ilmu gaib. Lalu terakhir adalah Arni Kumalasari (Julie Estelle), wanita yang berprofesi sebagai seorang arkeolog dengan kecintaan akan sains.
Semua bermula ketika situs Piramida Gunung Padang baru ditutup aksesnya bagi warga asing dan atas perintah dari presiden, akan dilangsungkan ekskavasi oleh tim arkeolog lokal. Berita ini membuat Tomo tertarik untuk melakukan peliputan lebih dalam mengenai Gunung Padang dan proses penggaliannya. Tak hanya Tomo, Guntur pun mendatangi tempat tersebut karena tertarik akan misteri yang terdapat dalamnya. Ternyata Arni merupakan pimpinan dari ekskavasi tersebut.
Meski pada awalnya ketiga orang dengan kepribadian bertolak belakang ini tidak cocok, mereka akhirnya harus menyatu untuk melawan kekuatan yang mengancam keberadaan seluruh umat di dunia. Kekuatan jahat tersebut terdapat di inti Piramida Gunung Padang.