В середине Х1Х века к власти в Румынии пришел Александр Куза. Церковь была подчинена государству и подверглась жестоким гонениям. Спасаясь от бесчинств и преследований, из лавры Нямцу – древнейшего монастыря на территории Румынии – бежали и тайно перешли реку Прут 32 инока. С собой они несли самое дорогое богатство – список Нямецкой чудотворной иконы Божьей Матери и два чемодана спасенных рукописей и книг. За пограничным Прутом лежала Бессарабия, входившая тогда в состав Российской империи. Монахи-беглецы надеялись основать новый монастырь на землях бессарабских сел Копанка и Кицканы, подаренных Лавре еще в Х1V веке молдавским господарем Александру чел Бун. Несколько лет, в сложной геополитический обстановке, велась борьба за право Церкви на эти земли. Наконец, в 1864 году российский император подписал Указ об устройстве на территории Бессарабии Свято-Вознесенского Ново-Нямецкого общежительного мужского монастыря.
Монастырь стал преемником духовных традиций лавры Нямцу, заложенных ее настоятелем преподобным старцем Паисием Величковским, который в конце прошлого века был причислен Русской Православной Церковью к лику святых.
Строился монастырь больше пятидесяти лет. Окончание строительства совпало с началом Первой мировой войны. История монастыря – полуторавековая история края, лежащего на перекрестье государственных, политических и христианских дорог. И – полуторавековая история Православной Церкви, отразившаяся в судьбе монастыря, как в капле воды.