¿Cómo instalar PyGBe en Ubuntu 18.04? / Install PyGBe in Ubuntu 18.04
Comandos para instalar pygbe en Ubuntu 18.04
sudo apt update
nvidia-smi
python --version
bash Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh
gcc --version
sudo sh cuda_11.0.1_450.36.06_linux.run --override
(--override es para forzarlo a usar la versión de gcc que este instalada en la compu)
una vez instalado CUDA necesitamos saber donde esta CUDA:
whereis cuda
agregas las paths al .bashrc
sudo apt install gedit (si no lo tienes instalado ya)
sudo gedit ~/.bashrc
agrega las líneas al final del documento, guarda y cierra el documento
export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
export CUDA_ROOT=/usr/local/cuda
otra opción es indicar la ruta especifica de CUDA
export PATH=/usr/local/cuda-11.0/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
aplica los cambios guarda y cierra
source ~/.bashrc
sudo apt install swig python3-pip python3-numpy python3-scipy python3-matplotlib python3-pandas python3-simpy python3-nose python3-pytools git
sudo apt install cython3
instala pycuda con:
sudo apt install python3-pycuda
reboot
cd $home
mkdir src
cd src
git clone https://github.com/pygbe/pygbe.git
cd pygbe
sudo python3 setup.py install clean
conda create -n pygbe python=3.6 numpy scipy cython matplotlib
source activate pygbe
Pygbe se ejecuta desde terminal y el nombre del folder con los archivos de la proteína ejemplo:
pygbe lys
Notas
1. Si la tarjeta gráfica no soporta un driver superior, es mejor no instalarlo.
2. Cada vez que se modifique el driver hay que reinstalar pycuda
3. Versiones superiores al Ubuntu 20 tienen problemas adicionales de instalación con el gcc, o el cython o el pycuda,
4. En tal caso se puede utilizar un docker para correr pygbe desde un contenedor