События The New Order разворачиваются в альтернативной вселенной, в которой нацистской Германии, совершившей технологический скачок, удалось выиграть Вторую мировую войну.
Начало игры происходит в 1946 году, когда главный герой, капитан Уильям «Би-Джей» Бласковиц, получает травму головы во время штурма немецкой крепости. Проведя 14 лет в вегетативном состоянии,
герой приходит в себя в 1960 году и видит антиутопический мир, жёстко контролируемый нацистским режимом
Игра начинается в альтернативном 1946 году, Би-Джей Бласковиц и его пилот, Фергюс Рид, летят над Балтийским морем к замку генерала Вильгельма «Черепа» Штрассе, главного антагониста игры.
Самолёт героев оказывается подбит и им приходится перепрыгнуть на другой самолёт, где они знакомятся с рядовым Пробстом Вайаттом III. Самолёт падает в воду вблизи крепости.
Небольшой отряд уцелевших проникает в замок. Герои добираются до крематория и попадают в плен к Черепу. Череп собирается подвергнуть Вайатта или Фергюса чудовищным опытам и ставит перед
Бласковицем нелёгкий выбор. В зависимости от выбора игрока, Череп убивает либо Вайатта, либо Фергюса. Череп забирает мозг убитого и выходит из помещения, Бласковиц и товарищ, которого
игрок оставил в живых, убивают охранника, взламывают решётку на окне и выпрыгивают в море. Труба с газом взрывается, крупный осколок пробивает голову Бласковицу. Героя подбирают рыбаки,
польский врач считает положение Бласковица безнадёжным и отправляет героя в психиатрическую клинику доживать свой век в овощном состоянии.