Çocuklarda cinsel kimlik bozuklukları tedavisinde genel olarak iki temel görüş var. İlk görüş, çocuğun biyolojik cinsiyeti ve fiziksel özelliklerinin içinde rahat etmesini sağlayan terapi modeline dayanıyor. Diğer görüşte ise çocuğu arzu ettiği cinsel kimliğe yöneltmek amaçlanıyor.