El juego comienza con el jugador en el papel de Eric Gabriel, viajando en un avión con su hijo Timmy Leblanc, cuando el avión se estrella misteriosamente en una isla remota. El jugador y su hijo logran sobrevivir al choque, pero el jugador observa impotente cómo su hijo es secuestrado por un hombre con pintura de guerra roja. Además de tratar de sobrevivir en la naturaleza y defenderse de la vida silvestre hostil y de los mutantes caníbales, el jugador busca a su hijo en la península. La superficie de El Bosque, deja pistas para ayudar al jugador a descifrar la historia, pero la mayoría de la trama tiene lugar en las cuevas que surgen en la parte inferior de la península.
Eventualmente, el jugador descubre un complejo de laboratorios subterráneo abandonado que estaba estudiando un artefacto capaz de resucitar a los muertos, pero que requiere el sacrificio de un niño. El jugador descubre que el secuestrador(Mathew Cross) intentó sacrificar al hijo del jugador para revivir a su hija llamada Megan Cross. Sin embargo, el jugador descubre que la hija se había transformado en un monstruo caníbal agresivo, similar a los otros mutantes que deambulan por la península. El jugador se enfrenta a la niña, quien se apropia y muta más antes de atacarlo, lo que lleva a la muerte de la hija. El jugador intenta usar el cuerpo de la hija para revivir a su hijo, pero el proceso es un fracaso, ya que se necesita un sacrificio en vivo. El jugador explora más el laboratorio y descubre un segundo artefacto que funciona como un tipo de dispositivo PEM (Pulsos electro-magnéticos) capaz de derribar aviones cercanos, lo que implica que es la causa de su propio accidente aéreo. Luego, el jugador usa el artefacto para hacer que otro avión se estrelle, con la intención de encontrar un sacrificio para revivir a su hijo.
Un año después, el jugador y su hijo aparentemente han sido rescatados, y se les invita a un programa de entrevistas para promocionar un libro que el jugador escribió, relatando sus experiencias. Sin embargo, durante el espectáculo, el hijo del jugador se derrumba y comienza a tener un ataque, lo que implica que está pasando por la misma mutación que la hija.
Al finalizar esta secuencia, se muestra a un Timmy adolescente viviendo presumiblemente solo en su apartamento saliendo de ducharse. Se sienta sobre su cama y enfoca la mirada hacia una pared llena de documentos y un gran mapa de una misteriosa isla en la que se logra leer en inglés "Sitio 2", dando a entender que en algún lugar del planeta, la compañía Sahara tiene otra base o instalaciones dedicadas a lo mismo, suponiendo que Timmy está empeñado en buscarla, lo que podría dar pie a una posible secuela del juego. La escena finaliza con Timmy levantándose de su cama y dirigiéndose a la ventana de su habitación mientras se observan protuberancias moviéndose dentro de su piel insinuando que a Timmy le ocurrirá lo mismo que a Megan tarde o temprano. Esta última secuencia es curiosa, ya que al mostrarnos un Timmy adolescente podemos deducir que él puede de cierta manera controlar su mutación o bien que estos episodios anteriores a una transformación total son simplemente una advertencia de que tarde o temprano su destino es mutar en algún punto de su vida.