L'arcipelago è composto dalle isole di:
• San Nicola, sede comunale, dove si trovano i principali monumenti dell'arcipelago. La superficie è di 0,456826 km² (45,6826 ha);
• San Domino, la più grande e la più abitata, sulla quale sono insediate le principali strutture turistiche grazie alla presenza dell'unica spiaggia sabbiosa dell'arcipelago (Cala delle Arene). La superficie è di 2,0745 km² (207,45 ha);
• Capraia (detta anche Caprara o Capperaia), la seconda per grandezza, disabitata. La superficie è di 0,486970 km² (48,6970 ha);
• Pianosa, un pianoro roccioso anch'esso completamente disabitato e distante una ventina di chilometri dalle altre isole. La superficie è di 0,124902 km² (12,4902 ha);
• Il Cretaccio, un grande scoglio argilloso a breve distanza da San Domino e San Nicola. La superficie è di 0,034841 km² (3,4841 ha);
• La Vecchia, uno scoglio più piccolo del Cretaccio e prossimo a questo.
La superficie totale dell'arcipelago che corrisponde alla superficie del comune di Isole Tremiti è di 3,1780 km² (317,80 ha).