La herramienta de clonación utiliza el pincel actual para copiar de una imagen o patrón. Tiene muchos usos: uno de los más importantes es reparar áreas problemáticas en fotos digitales, "pintándolas" con datos de píxeles de otras áreas. Esta técnica lleva un tiempo de aprendizaje, pero en las manos de un usuario experto es muy poderosa. Otro uso importante es el de dibujar líneas o curvas con patrones: ver Patrones para ejemplos.
Si quiere clonar de una imagen, en lugar de un patrón, debe decirle al GIMP de qué imagen quiere copiar. Para ello, mantenga pulsada la tecla Ctrl y haga clic en la imagen de origen deseada. Hasta que no haya establecido la fuente de esta manera, no podrá pintar con la herramienta de clonación: el cursor de la herramienta se lo indica mostrando un símbolo de "prohibido".
Si clonas de un patrón, el patrón se enmarca; es decir, cuando el punto del que estás copiando se mueve más allá de uno de los bordes, salta al borde opuesto y continúa, como si el patrón se repitiera lado a lado, indefinidamente. Cuando se clona de una imagen esto no ocurre: si se va más allá de los bordes de la fuente, la herramienta de clonación deja de producir cambios.
Puedes clonar desde cualquier dibujable (es decir, cualquier capa, máscara de capa o canal) a cualquier otro dibujable. Incluso puedes clonar desde o hacia la máscara de selección, cambiando al modo QuickMask. Si esto significa copiar colores que el objetivo no admite (por ejemplo, clonar desde una capa RGB a una capa indexada o a una máscara de capa), entonces los colores se convertirán a las aproximaciones más cercanas posibles.