Для вырезания таблиц из PDF в GUI используем утилиту Tabula отсюда
Утилита славная, была создана ребятами из New York Times и к ним примкнувшими красноглазиками на грант Knight Foundation и Shuttleworth Foundation.
Качаем ахив, распаковываем и бросаем в домашнюю директорию.
Создаём файл tabula.sh для запуска утилиты, такого содержания:
#!/bin/bash
#from el_guahiro&https://tabula.technology/
java -Dfile.encoding=utf-8 -Xms256M -Xmx1024M -jar /home/user/tabula/tabula.jar | zenity --progress --width=400 --height=100 --title="Открытие программы" --text "Tabula загружается" --auto-close --pulsate; exo-open --launch WebBrowser http://127.0.0.1:8080
Чтобы заработало, должна быть установлена Java, zenity и браузер :)
Скрипт tabula.sh бросаем в $PATH и пишем ПКМ Thunar "Извлечь таблицы из PDF" на команду:
tabula.sh
Условие появления: Каталоги, маска- по умолчанию,т.е ничего не трогаем.
При нажатии ПКМ откроется браузер, предложит загрузить файл. Как загрузится - выделяем таблицу и экспортируем в CSV. Легко и просто.