Существует несколько версий происхождения рецепта.
В России название нередко связывают с приготовлением этого пирожного во время широкого празднования 100-летия изгнания Наполеона Бонапарта из России. К этому юбилею появился целый ряд напитков и кушаний, оформленных по-праздничному. Появилось и новое пирожное — слоёное с кремом, изготовленное в виде треугольника, в котором предполагалось видеть знаменитую шляпу Наполеона. Пирожное быстро получило название «Наполеон» и всеобщее признание. Это название сохранилось до наших дней, хотя по форме пирожное стало прямоугольным.
Возможно, торт изобретён в Неаполе под названием Napolitano (неапольский), а современное название — искажение
Венгерская версия «Наполеона» примечательна тем, что при подаче на стол торт обязательно разрезается на кубики относительно большого размера. Связано это с происхождением «Кремеша»: знаменитый французский кондитер, изобретатель пирожного «Миньон» Жак Миньон обнаружил, что склонность к небольшим по размеру десертам питают только светские дамы, прочая же публика предпочитает крупные порции. Наблюдения за потребительскими пристрастиями и многочисленные эксперименты в кондитерской в конечном итоге привели к устоявшейся и по сей день форме венгерского «Наполеона».
Появление интернета и социальных сетей привело к повсеместному распространению этого кулинарного изделия, многочисленные рецепты которого зачастую отличаются от классического торта «Наполеон».